• Как правило, врач должен производить забор материала не только для проведения микроскопии, но и для других лабораторных исследований. Поэтому важно знать, что наиболее информативным является начальный материал, полученный при наличии следующих условий:
  • У пациента имеется инфекция с клиническими симптомами
  • Пациент не получал антибиотикотерапии предшествующие 7-8 дней
  • Пациент не получал локального лечения предшествующие 48-78 часов
  • Пациент не имел сексуальных контактов и не мочился в течение предшествующих 2-3 часов
  • Пациентка не проводила спринцеваний влагалища в течение последних 24 часов.
  • Материал взят на 10-14 день менструального цикла, если не имеется физиологического подъема числа лейкоцитов или кровоточивости  
• Несоблюдение перечисленных условий следует учитывать при интерпретации результатов микроскопии.
• Материал из уретры берется посевной петлей величиной 1 μl либо в первую очередь до всех прочих проб, либо после произведения забора материала на исследование в отношении гонореи. Посевную петлю следует ввести в уретру на глубину 2-3 см, держа петлю горизонтально на уровне своих глаз. Не рекомендуется производить круговые/вращательные движения. При выемке петли из уретры следует слегка на- давить на латеральную стенку дистальной части уретры.
• Материал из влагалища берется до взятия всех прочих проб ватным тампоном или посевной петлей величиной 10 микрол. При большом количестве выделений и подозрении на трихомоноз или кандидоз материал следует брать с задней складки влагалища (fornix posterior), где концентрация возбудителей максимальная. Если количество выделений невелико, то сбор материала производится со стенки влагалища.
• Материал из шейки матки берется либо в первую очередь до всех прочих проб, либо после произведения забора материала на исследование в отношении гонореи. Полу- чить репрезентативный материал из канала шейки матки достаточно трудно:
  • если очищать шеечную слизь большим ватным тампоном, то существует вероятность загрязнения материала вагинальными клетками.
  • с другой стороны при интенсивном очищении цервикального канала маленькими тампонами остается слишком мало материала для микроскопии. 
  • для получения лучшего результата материал следует брать как из канала шейки матки, так и с самой шейки.
  • легким поскабливанием по шейке матки концом стандартного гинекологического шпателя произвести забор материала и перенести его на один конец предметного стекла.
  • эндоцервикальный материал берется смоченным в физиологическом растворе тампоном или цитологической щеточкой ротирующими движениями (несколько раз вращение по кругу) с глубины канала 1-2 см. материал наносится на другой конец предметного стекла. 
• У каждого пациента рекомендуется взять материал на 2 предметных стекла, так как при оценке препарата необходимо использовать два различных метода окраски. 
• Идеальный препарат является однослойным, что дает возможность точнее оценить как морфологию элементов, так и их количество в поле зрения. Также однослойный препарат позволяет улучшить качество микроскопирования.
• Толстый многослойный препарат может окраситься неоднородно, что создает дополнительный проблемы при оценки окраски микроорганизмов. 
• Материал, взятый петлей, переносится на предметное стекло движениями вперед-назад, при этом петля должна быть параллельна предметному стеклу и на нем должна остаться видимая глазом полоса.
• Материал, взятый тампоном, для получения лучшего результата наносится на предметное стекло тонким слоем раскатывающими движениями. 
• Материал нанесённый на стекло, сушится на воздухе. 
• Высушенный материал необходимо фиксировать в 95-96% этаноле не менее 30 минут или же использовать специальный фиксирующий аерозоль. Разбрызгивать аерозоль следует на расстоянии 20-30 см от предметного стекла.