Hingamisteede infektsioonide diagnostika

NAT diagnostika		Viirus	Leviku viis	Sündroomid (sümptomid)	Riskirühmad	Keskmine inkubatsiooniaeg
A-, B-gripi viiruse, RSV, SARS-CoV-2 RNA paneel	Hingamisteede viiruste RNA/DNA paneel	A gripi (e Influenza A) viirus	Piisknakkus, ka kontamineeritud käte ja pindadega	Gripp, primaarne ja sekundaarne pneumoonia (kõrge palavik, lihasvalu, köha, väsimus)	Eakad, rasedad, krooniliste haigustega isikud	1–4 päeva
		B- gripi (e Influenza B) viirus	Piisknakkus, ka kontamineeritud käte ja pindadega	Gripp – sarnane Influenza A-le, kuid tavaliselt kergem	Lapsed, eakad, immuunpuudulikkusega isikud	1–4 päeva
		RSV (respiratoor-süntsütiaalne viirus)	Piisknakkus, lähikontakt	Bronhioliit, pneumoonia (köha, vilistav hingamine, palavik)	Imikud, eakad, krooniliste haigustega isikud	4–6 päeva
		SARS-CoV-2 (raskekujuline respiratoorse sündroomiga koroonaviirus)	Piisknakkus, aerosool, pindade kaudu	COVID-19, ARDS e äge respiratoorse distressi sündroom (palavik, köha, väsimus, maitse-/lõhnataju kadu, hingamisraskused)	Eakad, krooniliste haigustega, immuunpuudulikkusega	5–6 (2–14 ) päeva
		Metapneumoviirus	Piisknakkus, lähikontakt	Bronhioliit, pneumoonia, rinosinusiit (köha, nohu, palavik, hingamisraskused)	Imikud, eakad, immuunpuudulikkusega isikud	3–6 päeva
		Paragripi (parainfluenza) viirus	Piisknakkus	Larüngiit, bronhioliit, krupp, rinosinusiit (köha, nohu, palavik)	Imikud, väikelapsed, eakad	2–6 päeva
		Adenoviirus	Piisknakkus, fekaal-oraalne	Farüngiit, gastroenteriit, konjunktiviit (kurguvalu, palavik, silmade punetus, kõhulahtisus)	Lapsed, sõjaväelased, immuunpuudulikkusega isikud	2–14 päeva
		Rinoviirus	Piisknakkus, pindade kaudu	Rinosinusiit (nohu, kurguvalu, kerge köha)	Kõik vanuserühmad, eriti lapsed	1–3 päeva

Tabel 2. Bakteriaalsete haigustekitajate diagnostika, leviku teed, kliinilised nähud ja inkubatsiooniajad

NAT diagnostika		Muud testid	Bakter	Leviku viis	Sündroomid (sümptomid)	Riskirühmad	Keskmine inkubatsiooniaeg
Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila DNA paneel	Hingamisteede bakterite DNA paneel	Antikehad (IgG + IgM + IgA)	Mycoplasma pneumoniae	Aerosoolid, piisknakkus	Bronhiit, bronhioliit, atüüpiline pneumoonia (palavik, peavalu, väsimus, kuiv köha, kurguvalu, nohu)	Koolilapsed, noored täiskasvanud, astma või immuunpuudulikkus	2–3 nädalat
			Chlamydophila pneumoniae	Piisknakkus, kontamineeritud pindadega	Bronhiit, atüüpiline pneumoonia (kurguvalu, köha, madal palavik)	Koolilapsed, noored, vanemad täiskasvanud korduvate infektsioonidega	3–4 nädalat
		Antigeenitest	Legionella pneumophila	Aerosoolid saastunud veest (konditsioneerid, dušid)	Legionelloos, Pontiac palavik (kõrge palavik, köha, hingamisraskused, lihasvalud, peavalu, seedetrakti sümptomid)	Eakad, suitsetajad, krooniliste haigustega, immuunpuudulikkusega	5–6 päeva (2–14)
Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis DNA paneel		IgG ± IgA	Bordetella pertussis	Piisknakkus	Larüngotrahheobronhiit/läkaköha (katarraalne staadium: nohu, köha, palavik, kurguvalu; seejärel paroksüsmaalne staadium: köhahood, oksendamine)	Imikud, väikelapsed, madal immuunkaitse	7–10 päeva (5–21)
			Bordetella parapertussis	Piisknakkus	Paraläkaköha (läkaköha taoline kuid tavaliselt kergem ja lühem paroksüsmaalne köha)	Imikud (<6 kuud), sagedamini kergetel juhtudel, immuunpuudulikkusega	7–10 päeva (5–21)
		Aeroobne külv röga proovist	Streptococcus pneumoniae	Piisknakkus	Pneumoonia (kõrge palavik, külmavärinad, rögaeritus, hingamisraskused, rinna valu, väsimus), bakteriaemia, meningiit, keskkõrvapõletik, bakteriaalne rinosinusiit	Väikelapsed, eakad, asplenia, immuunpuudulikkus, kroonilised haigused	1–3 päeva
			Haemophilus influenzae	Piisknakkus	Invasiivne serotüüb B: meningiit, epiglotiit, pneumoonia; teised serotüübid: keskkõrvapõletik, bronhiit	<5 a lapsed, ≥65 a, asplenia, immuunpuudulikkus, kemoteraapia	2–4 päeva
			Aeroobsed bakterid	vt Tabel 3

Laboratoorne diagnostika

Hingamisteede viirusinfektsioonide diagnostikas on eelistatuim NAT (nucleic acid amplification tests) meetod (nagu PCR, RT-PCR). Kuna erinevate viiruste põhjustad sümptomid on sarnased, siis kasutatakse paneeldiagnostikat mis sisaldab olulisemaid ja sagedasemaid haigustekitajaid.

A-, B-gripi viiruse, RSV, SARS-CoV-2 RNA paneel sisaldab viiruseid mis on olulisemad nii epidemioloogiliselt (haiguspuhangud, pandeemiad), kliiniliselt (võimalik raskem kulg ja tüsistused) kui ka ravi ja ennetamise mõttes (olemas ravimid ja vaktsiinid).

Hingamisteede viiruste RNA/DNA paneel sisaldab lisaks eelnevatele (A ja B-gripi viiruse, RSV, SARS-CoV-2) ka teisi sagedamini hingamisteede infektsioone põhjustavaid viiruseid (metapneumo-, paragripi-, adeno- ja rinoviirus)

Proov uuringuks tuleks võtta võimalikult varakult peale sümptomite tekkimist kuna viiruste eritumine organismist on siis reeglina kõrgeim (sümptomitest kuni 5 päevani), sellel ajal on haigestunu ka kõige nakkusohtlikum.

Hingamisteede bakteriaalsete infektsioonide diagnostikas on kasutusel NAT, antikehade/antigeeni määramine ja külv.

Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophilaDNA paneel on esmane diagnostika atüüpilise kopsupõletiku kahtluse korral vastavalt kehtivale Eesti diagnostika ja ravi juhendile

Nimetatud patogeenide korral on NAT diagnostika kõige tundlikum haiguse 1-2 nädala jooksul, hiljem kui haigustekitajate eritumine hingamisteedest väheneb langeb ka meetodi tundlikkus. Soovituslikuks uuringumaterjaliks on röga ja teised alumistest hingamisteedest pärit materjalid (bronhiaspiraat, trahhea aspiraat). Ninaneelu ja kurgu kaapest tehtud uuringud on oluliselt madalama tundlikkusega ning annavad sageli valenegatiivseid tulemusi, mistõttu neid materjale diagnostikaks ei soovitata.

Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis DNA paneel on esmane diagnostiline test läkaköha ja paraläkaköha kahtlusel. NAT diagnostika on kõige tundlikum haiguse katarraalses staadiumis (1-2 nädalat alates sümptomitest) ning peale 3 haigusnädalat meetodi tundlikkus oluliselt väheneb. Diagnostika tuleks teostada võimalikult varakult, et saaks koheselt alustada antibakteriaalset ravi. Uuringud on näidanud, et antibiootikumravi kergendab haiguse kulgu kui seda alustada esimese haigusnädala jooksul, kui ravi alustada hiljem aga kuni 3 nädala jooksul, siis see haiguse kulgu ei mõjuta aga võib vähendada patsiendi nakkusohtlikust ja seega haiguse levikut. Hilisem antibiootikumravi (3-6 nädalat peale sümptomite algust) on näidustatud vaid teatud riskirühmadel.

Uuritavateks materjalideks sobivad lisaks rögale ka ninaneelukaabe, ja kurgukaabe.

Hingamisteede bakterite DNA paneel sisaldab lisaks eelnevate paneelide patogeenidele (Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis) ka tüüpilise kopsupõletiku tekitajaid: Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae. Nimetatud paneel on näidustatud kopsupõletiku jt ägedate bakteriaalsete alumiste hingamisteede infektsioonide diagnostikaks nii iseseisvalt kui ka kombineeritult aeroobse külviga rögast.

Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae uuringud on samuti näidustatud haiguse ägedas staadiumis. Eelistatud on alumistest hingamisteedest pärit uuringumaterjalid (röga, trahhea või bronhiaspiraat), kuid ka neelukaabete tundlikkus ja spetsiifilisus vanematel patsientidel on hea. Kuna lastel on ninaneel sageli koloniseeritud S. pneumoniae ja H. influenzae poolt tuleb neil ninaneelust saadud positiivsetesse tulemustesse suhtuda kriitiliselt.

Mycoplasma pneumoniae IgA, IgG, IgM ja Chlamydophila pneumoniae IgA, IgG, IgM

Antikehade määramine on näidustatud haiguse retrospektiivseks kinnitamiseks kuna antikehad tekivad teiseks – kolmandaks haigusnädalaks. IgA, IgG ja IgM antikehi tuleks määrata alati koos ning vajadusel teostada ka kordusuuring 2-3 nädala pärast, et hinnata antikehade hulkade dünaamikat. Kuna tegemist on kaudse diagnostikaga, mis määrab inimese immuunvastust tuleb tõlgendamisel arvestada ka indiviidi immuunseisundiga. Antikehade määramine ei sobi raviefektiivsuse hindamiseks.

Tulemuse tõlgendamine: IgA tekib nii primaarse- kui reinfektsiooni puhul ning positiivne tulemus viitab käimasolevale või hiljutisele infektsioonile.

IgM positiivne tulemus võib viidata nii käimasolevale kui ka hiljutisele infektsioonile kuid täiskasvanutel reinfektsiooni korral IgM antikehi ei teki ning lastel jääb IgM ka esmasinfektsiooni puhul sageli negatiivseks. IgM püsib keskmiselt 6 kuud.

IgG positiivne tulemus võib viidata nii hiljutisele kui ka varem põetud infektsioonile kuna võib positiivsena püsida aastaid peale haigestumist.

Bordetella pertussis IgA, IgG

Läkaköha toksiinivastaste antikehade määramisel põhinevad uuringud on näidustatud alates 2-3. haigusnädalast kui NAT meetodiga haigustekitajat enam tuvastada ei ole võimalik kuid IgG ja IgA tüüpi antikehad on juba tekkinud. Kuna tegemist on kaudse diagnostikaga, mis määrab inimese immuunvastust, tuleb tõlgendamisel arvestada ka indiviidi immuunseisundiga. Antikehade määramine ei sobi raviefektiivsuse ega paranemise hindamiseks. Uuring ei ole näidustatud kui vaktsineerimisest on möödas alla 1 aasta, kuid ka 1-3 aastat peale vaktsineerimist võib tulemuse tõlgendamine olla problemaatiline. Seetõttu tuleb saatekirjale lisada info nii viimas vaktsineerimise ja kui ka sümptomite alguse kohta.

Tulemuse tõlgendamine: IgG antikehad tekivad alates 2-3 nädalast ja saavutavad maksimaalse hulga 6-8 nädalaks. IgA tekib alates 1-2 haigusnädalast ja püsib keskmiselt 6-24 kuud.

Kui hinnatakse 3-4 nädalase vahega võetud paarisseerumite tulemust, siis PT IgG 100% tõus v langus viitab infektsioonile.

Üksikproovi hindamisel viitab positiivne IgG tulemus infektsioonile ning negatiivse tulemuse korral seroloogiline viide läkaköhale puudub. Piiripealse IgG tulemuse korral tuleks hinnata IgA antikehade taset. Kui piiripealse IgG korral on IgA negatiivne, siis seroloogiline viide infektsioonile puudub ning positiivne IgA viitab infektsioonile. Kui piiripealse IgG korral jääb ka IgA piiripealseks on tulemus selguseta.

Legionella pneumophila Ag uriinis on kiirtest, mis on näidustatud legionelloosi esmaseks skriininguks eeskätt juhtudel kui uuringumaterjali saamine alumistest hingamisteedest on raskendatud. Kuna test määrab vaid serotüüp 1-te jäävad selle testiga teised legionella serotüübid määramata, mistõttu on testi soovitav kombineerid NAT uuringuga.

Aeroobne külv rögast, aeroobne külv trahheaaspiraadist või aeroobne külv bronhiaspiraadist on näidustatud kopsupõletiku kahtlusel iseseisva uuringuna või ka kombineerituna hingamisteede bakterite DNA paneeliga (Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae). Võrreldes DNA paneeliga võimaldab külv määrata laia spektrit aeroobseid kopsupõletiku tekitajaid, hinnata nende antibiootikumtundlikust ning sisaldades Grami mikroskoopiat hinnata ka röga kvaliteeti (kas tegemist alumistest hingamisteedest pärit materjaliga või süljega) ning põletiku esinemist. Samas aeroobne külv ei tuvasta raskesti kultiveeritavaid hingamisteede patogeene (Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis) mis sisalduvad hingamisteede bakterite DNA paneelis. Streptococcus pneumoniae või Haemophilus influenzae poolt põhjustatud infektsiooni korral täiendab külv DNA paneeli võimaldades määrata nimetatud bakterite antibiootikumtundlikkust.

Olulisemad kopsupõletikku põhjustavad mikroobid sõltuvalt patsiendi east ja riskifaktoritest ning nende tuvastatavus aeroobse külviga on toodud Tabelis 3 allpool.

Tabel 3. Kopsupõletikku põhjustavad mikroobid sõltuvalt patsiendi east ja nende tuvastatavus NAT või aeroobse/anaeroobse külviga.

*teised enterobkaterid (Proteus spp, Enterobacter spp jt) ja mitte-fermenteerivad bakteried (Acinetobacter spp, Neisseria spp jt)
** Aspergillus spp, Candida spp, Fusarium spp, Cryptococcus neoformans jt
*** Streptococcus pneumoniae on keskkonnatekkese kopsupõletiku sagedaseim tekitaja.
**** Staphylococcus aureus on sagedaseim viirusinfektsioonijärgse kopsupõletiku tekitaja (eriti vanuritel).