Hingamisteede infektsioonide diagnostika

NAT diagnostika		Viirus	Leviku viis	Sündroomid (sümptomid)	Riskirühmad	Keskmine inkubatsiooniaeg
A-, B-gripi viiruse, RSV, SARS-CoV-2 RNA paneel	Hingamisteede viiruste RNA/DNA paneel	A gripi (e Influenza A) viirus	Piisknakkus, ka kontamineeritud käte ja pindadega	Gripp, primaarne ja sekundaarne pneumoonia (kõrge palavik, lihasvalu, köha, väsimus)	Eakad, rasedad, krooniliste haigustega isikud	1–4 päeva
		B- gripi (e Influenza B) viirus	Piisknakkus, ka kontamineeritud käte ja pindadega	Gripp – sarnane Influenza A-le, kuid tavaliselt kergem	Lapsed, eakad, immuunpuudulikkusega isikud	1–4 päeva
		RSV (respiratoor-süntsütiaalne viirus)	Piisknakkus, lähikontakt	Bronhioliit, pneumoonia (köha, vilistav hingamine, palavik)	Imikud, eakad, krooniliste haigustega isikud	4–6 päeva
		SARS-CoV-2 (raskekujuline respiratoorse sündroomiga koroonaviirus)	Piisknakkus, aerosool, pindade kaudu	COVID-19, ARDS  ehk äge respiratoorse distressi sündroom (palavik, köha, väsimus, maitse-/lõhnataju kadumine, hingamisraskused)	Eakad, krooniliste haigustega ja immuunpuudulikkusega isikud	5–6 (2–14 ) päeva
		Metapneumoviirus	Piisknakkus, lähikontakti kaudu	Bronhioliit, pneumoonia, rinosinusiit (köha, nohu, palavik, hingamisraskused)	Imikud, eakad, immuunpuudulikkusega isikud	3–6 päeva
		Paragripi (parainfluenza) viirus	Piisknakkus	Larüngiit, bronhioliit, krupp, rinosinusiit (köha, nohu, palavik)	Imikud, väikelapsed, eakad	2–6 päeva
		Adenoviirus	Piisknakkus, fekaal-oraalselt	Farüngiit, gastroenteriit, konjunktiviit (kurguvalu, palavik, silmade punetus, kõhulahtisus)	Lapsed, sõjaväelased, immuunpuudulikkusega isikud	2–14 päeva
		Rinoviirus	Piisknakkus, pindade kaudu	Rinosinusiit (nohu, kurguvalu, kerge köha)	Kõik vanuserühmad, eriti lapsed	1–3 päeva

 

Tabel 2. Bakteriaalsete haigustekitajate diagnostika, leviku teed, kliinilised nähud ja inkubatsiooniajad

NAT diagnostika		Muud testid	Bakter	Leviku viis	Sündroomid (sümptomid)	Riskirühmad	Keskmine inkubatsiooniaeg
Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila DNA paneel	Hingamisteede bakterite DNA paneel	Antikehad (IgG + IgM + IgA)	Mycoplasma pneumoniae	Aerosoolid, piisknakkus	Bronhiit, bronhioliit, atüüpiline pneumoonia, (aeglaselt progresseeruvad nähud: palavik, peavalu, väsimus, kuiv köha, kurguvalu, nohu)	Koolilapsed, noored täiskasvanud, astma või immuunpuudulikkusega isikud	2–3 nädalat
			Chlamydophila pneumoniae	Piisknakkus, kontamineeritud pindadega	Bronhiit, atüüpiline pneumoonia (kurguvalu, köha, madal palavik)	Koolilapsed, noored, vanemad täiskasvanud korduvate infektsioonidega	3–4 nädalat
		Antigeenitest	Legionella pneumophila	Aerosoolid saastunud veest (konditsioneerid, dušid)	Legionelloos, Pontiaci palavik (kõrge palavik, köha, hingamisraskused, lihasvalu, peavalu, seedetrakti sümptomid)	Eakad, suitsetajad, krooniliste haigustega ja immuunpuudulikkusega isikud	5–6 päeva (2–14)
Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis DNA paneel		Ab paneel	Bordetella pertussis	Piisknakkus	Larüngotrahheobronhiit/läkaköha (katarraalne staadium: nohu, köha, palavik, kurguvalu; seejärel paroksüsmaalne staadium: köhahood, oksendamine)	Imikud, väikelapsed, madala immuunkaitsega isikud	7–10 päeva (5–21)
			Bordetella parapertussis	Piisknakkus	Paraläkaköha (läkaköha taoline, kuid tavaliselt kergem ja lühem paroksüsmaalne köha)	Imikud (< 6 kuud), sagedamini kergetel juhtudel, immuunpuudulikkusega isikud	7–10 päeva (5–21)
		Aeroobne külv röga proovist	Streptococcus pneumoniae	Piisknakkus	Pneumoonia (kõrge palavik, külmavärinad, rögaeritus, hingamisraskused, rinnavalu, väsimus), bakterieemia, meningiit, keskkõrvapõletik, bakteriaalne	Väikelapsed, eakad, aspleenia, immuunpuudulikkusega ja krooniliste haigustega isikud	1–3 päeva
			Haemophilus influenzae	Piisknakkus	Invasiivne serotüüp B: meningiit, epiglotiit, pneumoonia; teised serotüübid: keskkõrvapõletik, bronhiit	< 5-aastased lapsed, ≥ 65-aastased, aspleenia, HIV-i ja immuunpuudulikkusega isikud, kemoteraapiat saavad isikud	2–4 päeva
			Aeroobsed bakterid	vt Tabel 3

Laboratoorne diagnostika

Hingamisteede viirusinfektsioonide diagnostikas on eelistatuim   meetod (nagu PCR, RT-PCR). Kuna erinevate viiruste põhjustatud sümptomid on sarnased, siis kasutatakse paneeldiagnostikat, mis sisaldab olulisemaid ja sagedasemaid haigustekitajaid.

A-, B-gripi viiruse, RSV, SARS-CoV-2 RNA paneel sisaldab viiruseid, mis on olulisemad nii epidemioloogiliselt (haiguspuhangud, pandeemiad), kliiniliselt (võimalik raskem kulg ja tüsistused) kui ka ravi ja ennetamise mõttes (olemas ravimid ja vaktsiinid).

Hingamisteede viiruste RNA/DNA paneel sisaldab lisaks eelnevatele (A- ja B-gripi viiruse, RSV, SARS-CoV-2) ka teisi sageli hingamisteede infektsioone põhjustavaid viiruseid (metapneumo-, paragripi-, adeno- ja rinoviirus).

Proov uuringuks tuleks võtta võimalikult vara pärast sümptomite teket, kuna viiruste eritumine organismist on siis reeglina kõrgeim (sümptomite tekkest kuni 5. päevani). Sel ajal on haigestunu ka kõige nakkusohtlikum.

Hingamisteede bakteriaalsete infektsioonide diagnostikas on kasutusel NAT, antikehade/antigeeni määramine ja külv.

Vastavalt kehtivale Eesti diagnostika ja ravi juhendile on Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophilaDNA paneel atüüpilise kopsupõletiku kahtluse korral esmane diagnostika. Nimetatud patogeenide korral on NAT-diagnostika kõige tundlikum haiguse 1.–2. nädala jooksul. Kui haigustekitajate eritumine hingamisteedest väheneb, langeb ka meetodi tundlikkus. Soovituslikuks uuringumaterjaliks on röga ja muud alumistest hingamisteedest pärit materjalid (bronhiaspiraat, trahheaaspiraat). Ninaneelu- ja kurgukaapest tehtud uuringud on oluliselt madalama tundlikkusega ning annavad sageli valenegatiivseid tulemusi, mistõttu neid materjale diagnostikaks ei soovitata.

Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis DNA paneel on esmane diagnostiline test läkaköha ja paraläkaköha kahtlusel. NAT-diagnostika on kõige tundlikum haiguse katarraalses staadiumis (1–2 nädalat alates sümptomitest). Pärast 3. haigusnädalat väheneb meetodi tundlikkus oluliselt. Diagnostika tuleks teostada võimalikult vara, et saaks kohe alustada antibakteriaalset ravi. Uuringud on näidanud, et antibiootikumravi kergendab haiguse kulgu, kui seda alustada 1. haigusnädala jooksul. Kui ravi alustada hiljem – kuni 3 nädala jooksul –, siis see haiguse kulgu ei mõjuta, aga võib vähendada patsiendi nakkusohtlikkust ja seega haiguse levikut. Hilisem antibiootikumravi (3–6 nädalat pärast sümptomite teket) on näidustatud vaid teatud riskirühmadel.

Uuritavateks materjalideks sobivad lisaks rögale ka ninaneelukaabe ja kurgukaabe.

Hingamisteede bakterite DNA paneel sisaldab lisaks eelnevate paneelide patogeenidele (Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis) ka tüüpilise kopsupõletiku tekitajaid: Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae. See paneel on näidustatud kopsupõletiku jt ägedate bakteriaalsete alumiste hingamisteede infektsioonide diagnostikaks nii iseseisvalt kui ka kombineeritult aeroobse külviga rögast.

Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae uuringud on samuti näidustatud haiguse ägedas staadiumis. Eelistatud on alumistest hingamisteedest pärit uuringumaterjalid (röga, trahhea- või bronhiaspiraat), kuid vanematel patsientidel võib ka neelukaabe anda piisavalt tundliku ja spetsiifilise tulemuse. Kuna lastel on ninaneel sageli koloniseeritud S. pneumoniae ja H. influenzae poolt, tuleb nende puhul ninaneelust saadud positiivsetesse tulemustesse suhtuda kriitiliselt.

Mycoplasma pneumoniae IgA, IgG, IgM ja Chlamydophila pneumoniae IgA, IgG, IgM

Antikehade määramine on näidustatud haiguse retrospektiivseks kinnitamiseks, kuna antikehad tekivad 2.–3. haigusnädalaks. IgA, IgG ja IgM antikehi tuleks määrata alati koos ning vajadusel teostada ka kordusuuring 2–3 nädala pärast, et hinnata antikehade hulkade dünaamikat. Kuna tegemist on kaudse diagnostikaga, mis määrab inimese immuunvastuse, tuleb tõlgendamisel arvestada ka indiviidi immuunseisundiga. Antikehade määramine ei sobi raviefektiivsuse hindamiseks.

Tulemuse tõlgendamine: IgA tekib nii primaarse kui ka reinfektsiooni puhul ning positiivne tulemus viitab käimasolevale või hiljutisele infektsioonile.

IgM positiivne tulemus võib viidata nii käimasolevale kui ka hiljutisele infektsioonile, kuid täiskasvanutel reinfektsiooni korral IgM antikehi ei teki ning lastel jääb IgM ka esmasinfektsiooni puhul sageli negatiivseks. IgM püsib keskmiselt 6 kuud.

IgG positiivne tulemus võib viidata nii hiljutisele kui ka varem põetud infektsioonile ning võib positiivsena püsida aastaid pärast haigestumist.

Bordetella pertussis Ab paneel

Läkaköha toksiinivastaste antikehade määramisel põhinevad uuringud on näidustatud alates 2.–3. haigusnädalast, kui NAT-meetodiga haigustekitajat enam tuvastada ei ole võimalik, kuid IgG- ja IgA-tüüpi antikehad on juba tekkinud. Kuna tegemist on kaudse diagnostikaga, mis määrab inimese immuunvastuse, tuleb tõlgendamisel arvestada ka indiviidi immuunseisundiga. Antikehade määramine ei sobi raviefektiivsuse ega paranemise hindamiseks. Uuring ei ole näidustatud, kui vaktsineerimisest on möödas alla 1 aasta, kuid ka 1–3 aastat pärast vaktsineerimist võib tulemuse tõlgendamine olla problemaatiline. Seetõttu tuleb saatekirjale lisada info nii viimase vaktsineerimise kui ka sümptomite algusaja kohta.

Tulemuse tõlgendamine: IgG antikehad tekivad alates 2.–3. nädalast ja saavutavad maksimaalse hulga 6.–8. nädalaks. IgA tekib alates 1.–2. haigusnädalast ja püsib keskmiselt 6–24 kuud.

Kui hinnatakse 3–4-nädalase vahega võetud paarisseerumite tulemust, siis PT IgG 100% tõus või langus viitab infektsioonile.

Üksikproovi hindamisel viitab positiivne IgG tulemus infektsioonile ning negatiivse tulemuse korral seroloogiline viide läkaköhale puudub. Piiripealse IgG tulemuse korral tuleks hinnata IgA antikehade taset. Kui piiripealse IgG korral on IgA negatiivne, siis seroloogiline viide infektsioonile puudub ning positiivne IgA viitab infektsioonile. Kui piiripealse IgG korral jääb ka IgA piiripealseks, on tulemus selguseta.

Legionella pneumophila Ag uriinis on kiirtest, mis on näidustatud legionelloosi esmaseks skriininguks eeskätt juhtudel, kui uuringumaterjali saamine alumistest hingamisteedest on raskendatud. Kuna test määrab vaid serotüüpi 1, jäävad selle testiga teised Legionella serotüübid määramata, mistõttu on testi soovitatav kombineerida NAT-uuringuga.

Aeroobne külv rögast, aeroobne külv trahheaaspiraadist või aeroobne külv bronhiaspiraadist

on näidustatud kopsupõletiku kahtlusel iseseisva uuringuna või ka kombineerituna hingamisteede bakterite DNA paneeliga (Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Streptococcus pneumoniae ja Haemophilus influenzae). Võrreldes DNA paneeliga võimaldab külv määrata laia spektrit aeroobseid kopsupõletiku tekitajaid, hinnata nende antibiootikumtundlikkust ning Grami mikroskoopia abil hinnata ka röga kvaliteeti (kas tegemist on alumistest hingamisteedest pärit materjaliga või süljega) ning põletiku esinemist. Samas ei tuvasta aeroobne külv raskesti kultiveeritavaid hingamisteede patogeene (Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis), mis sisalduvad hingamisteede bakterite DNA paneelis. Streptococcus pneumoniae või Haemophilus influenzae põhjustatud infektsiooni korral täiendab külv DNA paneeli, võimaldades määrata nimetatud bakterite antibiootikumtundlikkust.

Olulisemad kopsupõletikku põhjustavad mikroobid sõltuvalt patsiendi east ja riskifaktoritest ning nende tuvastatavus aeroobse külviga on toodud allpool Tabelis 3.

Tabel 3. Kopsupõletikku põhjustavad mikroobid sõltuvalt patsiendi east ja nende tuvastatavus NAT-iga või aeroobse/anaeroobse külviga

*teised enterobakterid (Proteus spp., Enterobacter spp. jt) ja mittefermenteerivad bakterid (Acinetobacter spp., Neisseria spp. jt)
** Aspergillus spp., Candida spp., Fusarium spp., Cryptococcus neoformans jt
***Streptococcus pneumoniae on keskkonnatekkese kopsupõletiku sagedaseim tekitaja.
****Staphylococcus aureus on sagedaseim viirusinfektsiooni järgse kopsupõletiku tekitaja (eriti vanuritel).