Uriini mikrobioloogiline uuring

Tänapäevaste uuringute kohaselt ei ole uriin steriilne – põies esineb indigeenne mikrobioota, mida nimetatakse urobioomiks. Selle koostis varieerub indiviiditi ning muutub ajas ja võib aidata ennetada kuseteede infektsioone.

Naistel esineb mikrobioomis sagedamini Lactobacillus, Gardnerella, Atopobium, Prevotella ja Staphylococcus, meestel aga Corynebacterium ja Streptococcus. Escherichia ja Enterococcus võivad esineda mõlemal sool.

Üle 95% kuseteede infektsioonidest on tingitud ühest bakteriliigist, kusjuures 70–95% juhtudest on tekitajaks Escherichia coli. Staphylococcus saprophyticus on sagedaseim ägeda tsüstiidi põhjustaja noortel naistel.

Ägeda tsüstiidi diagnoosimine 18–65-aastastel mitterasedatel naistel põhineb peamiselt kliinilistel sümptomitel ning uriini ribaanalüüs ja aeroobne külv ei ole enamasti vajalikud.

Uriini aeroobse külvi eesmärk on tuvastada võimalik infektsiooni tekitaja, hinnata selle kogus, pakkuda sobivat antibakteriaalset ravi ning määrata ravi efektiivsust.

Kui kliiniline info puudub, eeldab labor külvi tulemuse tõlgendamisel, et analüüsiks saadetud proov on hommikune esimene keskjoa uriin ning see on võetud sümptomaatiliselt patsiendilt.

Uuritav materjal:

Uriin uroinfektsiooni diagnostikaks
- Uriin, keskjoa
- Uriin, kateetri
- Uriin, nefrostoomi
- Uriin, põiepunktsiooni
- Uriin, epitsüstostoomi
Uriin uretriidi ja prostatiidi diagnostikaks
- Uriin, esmasjoa
- Uriin, eesnäärme massaaži järel

Analüüsimeetodid:

Leukotsüütide ja bakterite määramine voolutsütomeetrilisel meetodil (keskjoa uriinist)
Aeroobne külv söötmele
Haigustekitaja samastamine
Ravimtundlikkuse määramine

Uriini aeroobse külvi näidustused:

> 65 aastased patsiendid
Lapsed
Mehed
Uurimine asümptomaatilise bakteriuuria suhtes rasedatel ja limaskesta läbivate protseduuride eelselt
Retsidiveeruvate uroinfektsioonide korral
Ravijärgselt sümptomite püsimisel
Diabeediga patsiendil
Kuseteede anatoomiliste iseärasustega patsiendil
Neeru-/põiekividega patsiendil
Sügava immuunpuudulikkusega patsiendil
Võimalike ravimiresistentsete haigustekitajatega patsiendil (hiljuti hospitaliseeritud ja/või antibiootikumravi saanud ja/või kellel on aasta jooksul esinenud ravimiresistentseid mikroobe, näiteks ESBL-produtseeriv enterobakter, karbapeneemiresistentne enterobakter, vankomütsiiniresistentne enterokokk).

Eelneva skriininguga aeroobne külv keskjoa uriinist.

Kõigepealt teostatakse uriinist leukotsüütide ja bakterite hulga määramine voolutsütomeetrilisel meetodil. Aeroobne külv teostatakse juhtudel, kui leukotsüütide hulk on ≥10 ja/või bakterite kogus ületab vanusele määratud väärtused. Alla 12-aastastel lastel teostatakse külv alati.

Vanus	Sugu	Leukotsüüdid/µl	Bakterid/µl	Külvi teostamine	Aeroobse külvi vastus
≤ 12a	M,N			jah	Vastavalt leiule
13-16a	M,N	<10	≤40	ei	Negatiivne
13-16a	M,N	≥10	>40	jah	Vastavalt leiule
≥17a	M	<10	≤40	ei	Negatiivne
≥17a	M	≥10	>40	jah	Vastavalt leiule
≥17a	N	<10	≤135	ei	Negatiivne
≥17a	N	≥10	>135	jah	Vastavalt leiule

Esmasjoa-, kateeter-, nefrostoomi-, epitsüstostoomi-, põiepunktsiooni- ja prostata massaaži järgse uriini saatmisel laborisse teostatakse alati aeroobne külv.

Bakterite koguse hindamine aeroobses külvis.

Bakterite koguse hindamisel külvis arvestatakse söötmele kantud uriini kogust ja pesade arvu. Bakterite kogus väljendatakse PMÜ/ml.

Pesade arv söötmel	Keskjoa-, esmasjoa-, kateeter-, nefrostoomi-, epitsüstostoomi uriin (Külv 10µl PMÜ/ml)	Põiepunktsiooni-, prostata massaažijärgne uriin (Külv 100 µl PMÜ/ml)
< 10 pesa	Negatiivne	Negatiivne
10-100 pesa	10³-10⁴	≥10²
>100 pesa	≥10⁴

Uroinfektsioone põhjustavate bakterite klassid.

Klass I	Esmased uropatogeenid, mis võivad põhjustada infektsioone normaalse urotrakti korral
Klass II	Sekundaarsed uropatogeenid, mis harva põhjustav infektsioone normaalse urotrakti korral
Klass III	Kahtlased patogeenid, mõnikord koloniseerivad urotrakti, teatud juhtudel põhjustavad infektsoone (eeskätt hospitaliseeritud patsientidel)
Klass IV	Kontaminandid ureetra, genitaalide ja naha mikrobiootast

Klass I	Klass II	Klass III	Klass IV
E.coli S.saprophyticus	P.aeruginosa S.aureus C.urealyticum Enterobacter sp Klebsiella sp Proteus sp Citrobacter sp Serratia sp M.morganii Salmonella sp Providencia sp Kui monokultuuris, siis II gr. Enterococcus sp Aerococcus sp Actinotignum schalii	S.agalactiae Candida sp Acinetobacter sp Pseudomonas sp S.maltophilia Haemophilus sp S.pneumoniae S.lugdunensis S.pyogenes Alcaligenes faecalis S.dysgalactiae Korünebakterid Anaeroobid Kui sarnases hulgas kaks mikroobi, siis III gr. Enterococcus sp Aerococcus sp Actinotignum schalii	Gardnerella vaginalis Lactobacillus sp KONS Korünebakterid Pseudoglutamicibacter sp Streptococcus mitis gr jt.

Klass I

Klass II

Klass III

Klass IV

E.coli
S.saprophyticus

P.aeruginosa
S.aureus
C.urealyticum
Enterobacter sp
Klebsiella sp
Proteus sp
Citrobacter sp
Serratia sp
M.morganii
Salmonella sp
Providencia sp

Kui monokultuuris, siis II gr.
Enterococcus sp
Aerococcus sp
Actinotignum schalii

S.agalactiae
Candida sp
Acinetobacter sp
Pseudomonas sp
S.maltophilia
Haemophilus sp
S.pneumoniae
S.lugdunensis
S.pyogenes
Alcaligenes faecalis
S.dysgalactiae
Korünebakterid
Anaeroobid

Kui sarnases hulgas kaks mikroobi, siis III gr.
Enterococcus sp
Aerococcus sp
Actinotignum schalii

Gardnerella vaginalis
Lactobacillus sp
KONS
Korünebakterid
Pseudoglutamicibacter sp
Streptococcus mitis gr jt.

Lisatabel

Muud võimalikud uropatogeenid (ASM manual 13th ed 2023)

Patogeen	ASM kommentaar
Corynebacterium amycolatum	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium aurimucosum	Kuseteede infektsioonid (peamiselt meestel) ja naiste urogenitaaltrakti infektsioonid (seotud ka rasedusaegsete tüsistustega, sh spontaanne abort)
Corynebacterium coyleae	Komplitseeritud kuseteede infektsioonid, samuti uriinipidamatus ja üliaktiivne kusepõis
Corynebacterium glucuronolyticum	Urogenitaaltrakti infektsioonid (peamiselt meestel)
Corynebacterium imitans	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium jeikeium	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium macginleyi	Kuseteede infektsioon, seotud püsiva põiekateetri kasutamisega
Corynebacterium minutissimum	Püelonefriit, alumiste kuseteede infektsioonid
Corynebacterium mycetoides	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium propinquum	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium pseudodiphtheriticum	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium pyruviciproducens	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium renale	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium riegelii	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium simulans	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium striatum	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium tuberculostearicum	Kuseteede infektsioon (UTI)
Corynebacterium urealyticum	Äge tsüstiit, püelonefriit, krooniline või korduv tsüstiit, bakteriuuria, põiekivid

Keskjoa uriini külvi leiu tõlgendamine vastavalt leukotsüütidele, uropatogeenide klassile ja bakterite kogusele.

Klass	Liik/liigid	Kogus PMÜ/ml	Leuk/µl	Testid	Tõlgendus Kommentaar
I-IV	≥ 3 liiki Segamikrobioota	≥10³ Kõiki liike võrdses koguses	Neg (<10) Pos (≥10)	Ei	Aeroobne segamikrobioota Tuvastati rohkem kui kaks erinevat mikroobi, mis viitab kontaminatsioonile. Infektsiooni kahtlusel soovitame kordusproovi, järgides proovi võtmise ja transpordi nõudeid.
I	1-2	10³-10⁴ ≥10⁴	Neg (<10) Pos (≥10)	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid Leiti olulises koguses mikroobe, tüüpilise kliinilise pildi olemasolul viitab leid tõenäoliselt uroinfektsioonile.
II	1-2	10³-10⁴ ≥10⁴	Pos (≥10)	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid Leiti olulises koguses mikroobe, tüüpilise kliinilise pildi olemasolul viitab leid tõenäoliselt uroinfektsioonile.
		10³-10⁴	Neg (<10)	Ei	Kliiniliselt ebaoluline leid
		≥10⁴	Neg (<10)	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid Leitud mikroobid võivad põhjustada teatud juhtudel uroinfektsiooni (näiteks immuunpuudulikkusega või muude riskifaktoritega patsiendid), kui esineb tüüpiline kliiniline pilt.
III	1-2	10³-10⁴ ≥10⁴	Pos (≥10)	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid Leitud mikroobid võivad põhjustada teatud juhtudel uroinfektsiooni (näiteks immuunpuudulikkusega või muude riskifaktoritega patsiendid), kui esineb tüüpiline kliiniline pilt.
III	1-2	10³-10⁴ ≥10⁴	Neg (<10)	Ei	Kliiniliselt ebaoluline leid
III	S.agalactiae (GBS) Naised 15-50a.	10³-10⁴ ≥10⁴	Ei arvesta	ID	Kliiniliselt ebaoluline leid B grupi streptokoki leid alates raseduse 35. nädalast võib olla seotud infektsiooni riskiga lapsele.
IV	1	≥10⁴	Pos (≥10)	Juhupõhine hindamine	Vastavalt otsusele Vajadusel lisatakse kommentaar: Leitud mikroobid ei ole tõenäoliselt infektsiooni põhjustajad. Ei saa välistada infektsiooni ka muude (mitte-/raskesti kultiveeritavate) mikroobide poolt nagu Chlamydia, Mycoplasma, Ureaplasma, M.tuberculosis, N.gonorrhoeae.
IV	1	10³-10⁴ ≥10⁴	Neg (<10)	Ei	Kliiniliselt ebaoluline leid

ID– mikroob samastatakse; AST– määratakse ja raporteeritakse antibiogramm

Asümptomaatilise bakteriuuria kahtlusel keskjoa uriini külvi leiu tõlgendamine vastavalt uropatogeenide klassile ja bakterite kogusele.

	Klass	Liik	Kogus PMÜ/ml	Testid	Tõlgendus
Mehed	I-III	1	≥10⁴	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid
Naised	I-III	1	≥10⁴	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid Asümptomaatilise bakteriuuria diagnoosimiseks tuleb teha kordusproov kahe nädala jooksul.
Rasedad	S.agalactiae	1	≥10⁴	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid

ID– mikroob samastatakse; AST– määratakse ja raporteeritakse antibiogramm

Muude uriinikülvide leiu tõlgendamine vastavalt uropatogeenide klassile ja bakterite kogusele.

	Klass	Liik/ liigid	Kogus PMÜ/ml	Testid	Tõlgendus
Uriin, kateetri	I-III	1-2	≥10³	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid
Uriin, kateetri	I-III	≥3	≥10³	Ei	Aeroobne segamikrobioota Kliiniliselt oluline leid
Uriin, nefrostoomi	I-III	1-2	≥10³	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid
Uriin, nefrostoomi	I-III	≥3	≥10³	Ei	Aeroobne segamikrobioota Kliiniliselt oluline leid
Uriin, epitsüstostoomi	I-III	1-2	≥10³	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid
Uriin, epitsüstostoomi	I-III	≥3	≥10³	Ei	Aeroobne segamikrobioota Kliiniliselt oluline leid
Uriin, põiepunktsiooni	I-III	1-2	≥10²	ID+AST	Kliiniliselt oluline leid
Uriin, põiepunktsiooni	I-III	≥3	≥10²	Ei	Aeroobne segamikrobioota Kliiniliselt oluline leid

ID– mikroob samastatakse; AST– määratakse ja raporteeritakse antibiogramm

Uriinikülvi tulemuste tõlgendamine uretriidi ja prostatiidi diagnostikaks.

Olulised

patogeenid

Kogus PMÜ/ml

Leuk/µl

Testid

Tõlgendus

Uriin, esmasjoa

N.gonorrhoeae

N.meningitidis

E.coli

Enterobacterales

N.meningitidis

H.influenzae

H.parainfluenzae

Pasteurella bettyae

Candida sp

C.glucuronolyticum

≥10³

≥15

ID+AST

Kliiniliselt oluline leid

Uriin,

eesnäärme massaaži

järel

N.gonorrhoeae

E.coli

Enterobacterales

Pseudomonas aeruginosa

S.aureus

C.glucuronolyticum

Enterococcus sp

Streptococcus sp

S.epidermidis

S.saprophyticus

≥10²

ID+AST

Kliiniliselt oluline leid

ID– mikroob samastatakse; AST– määratakse ja raporteeritakse antibiogramm

Juhised:

https://www.elmy.ee/wp-content/uploads/2024/10/Uroinfektsioonide-laboratoorne-diagnostika-11.10.24.pdf

https://www.elmy.ee/wp-content/uploads/2024/06/EFLM_Urinalysis_Guideline.pdf