Miks kasutatakse SARS-CoV-2 diagnostikas PCR meetodit

Vastustes on kasutatud Eesti Laborimeditsiini Ühingu (ELMÜ), Eesti Infektsioonhaiguste Seltsi (EIS) ja Terviseameti ühiseid seisukohti.

Miks on PCR diagnostika oluline?

SARS-CoV-2 RNA määramine hingamisteede materjalist reaalaja polümeraasahelreaktsiooni (PCR) meetodil on nii Maailma Tervishoiuorganisatsiooni (WHO) kui ka muude rahvusvaheliste organisatsioonide soovitustes ning kliinilises praktikas nn kuldne standard koroonaviiruse analüüsimiseks.

PCR meetod on ka teiste hingamisteede viirusinfektsioonide (nt gripp) diagnoosimiseks juba aastaid arstidel igapäevases kasutuses.

Kas PCR test suudab eristada nakkusohtlikke ja mittenakkusohtlikke patsiente?

PCR test võimaldab määrata ainult viiruse geneetilise materjali olemasolu, mitte selle nakatamisvõimet. Eluvõimelise viiruse olemasolu saab määrata vaid viiruse kasvatamisega rakukultuuris, kuid see on kõrge hinna ja ajamahukuse (kulub mitu nädalat) tõttu tavadiagnostikasse sobimatu.

SARS-CoV-2 PCR test ei võimalda täpset viiruse hulga määramist, kuid kaudselt saab viiruse hulka patsiendi proovimaterjalis hinnata Ct väärtuste kaudu.

Mis on Ct väärtus ja kuidas ta on seotud PCR testidega?

  • Ct (cycle threshold) on viiruse RNA paljundamistsüklite arv, millest alates loetakse konkreetse testi tulemust positiivseks. Ct väärtust aetakse segamini tsüklite arvuga, need on 2 erinevat väärtust. Madal Ct väärtus viitab viiruse suurele tasemele, mis seostub suurema nakkusohtlikkusega;
  • Kõrge Ct väärtus viitab viiruse madalale tasemele uuritavas materjalis, mis võib viidata:
    • nakatumisfaasi algusele, kus viiruse hulk pole veel selgelt tuvastatav ja seetõttu on inimene juba potentsiaalselt nakkusohtlik;
    • paranemisfaasile (infektsiooni lõpule), kus inimene on hiljuti olnud nakatunud ning tema nakkusohtlikkus võib olla juba vähenenud

 

Ct väärtus ei ole vastuse osa. See kuulub testi tehniliste andmete hulka, mitte ei ole vastuse osa ega valideeritud kliiniliseks kasutamiseks.

Ct väärtused ei ole standardiseeritud ja laborites kasutatavate erinevate testidega võime saada samast proovimaterjalist erinevad väärtused.Seetõttu ei ole nende võrdlemine ja ainult selle alusel järelduste tegemine kliiniliselt põhjendatud.

Laborid ei väljasta valetõlgenduste vältimiseks Ct väärtusi. See otsus põhineb erialaseltside (ELMÜ, EIS) ja Terviseameti konsensusotsusel.

Kuidas käib SARS-CoV-2 tulemuste interpretatsioon SYNLAB Eesti laboris?

Testis kasutatav Ct väärtus on määratud testi tootja poolt ning põhineb uuringutulemustel.

SYNLAB Eesti Tallinna laboris määratakse SARS-CoV-2 RT-PCR meetodil, kasutades ThermoFisher TaqPath COVID-19 CE-IVD RT-PCR reaktiive. Nimetatud reaktiivides on kasutusel SARS-CoV-2 kolme geeni N, S ja ORF1ab tuvastamine. Positiivseks loetakse vastavalt tootjapoolt ette nähtud reeglitele proovimaterjalid, milles kinnitatakse vähemalt kahe geeni leidu. Lisaks Ct väärtusele arvestatakse tulemuse hindamisel ka RFU väärtust (suhteline fluorestsentsi ühik) ning amplifikatsioonikõvera tõusu.

Tootjapoolne täpsem info: https://www.thermofisher.com/ee/en/home/clinical/clinical-genomics/pathogen-detection-solutions/covid-19-sars-cov-2/multiplex.html.

Lisaks on SYNLAB Eesti edukalt teostanud võrdluskatseid WHO referentslaboriga ning osaleb regulaarselt mitu korda aastas rahvusvahelistel võrdluskatsetel.

Metoodika on verifitseeritud laboris ning akrediteeritud Eesti Akrediteerimiskeskuse poolt. Laboril on Terviseameti poolt väljastatud laborimeditsiini eriala tervishoiuteenuste osutamiseks luba.

Kuidas kommenteerida väiteid, et enamik PCR positiivsetest on jääkpositiivsed ning pole nakkusohtlikud?

Patsiendi nakkusohtlikkus sõltub mitmest tegurist: kui suures koguses esineb viirust hingamisteedes, kui palju viirust ta eritab (kas hingab rahulikult või laulab/aevastab), kas kasutab ettevaatusabinõusid (mask, distants) jne. Laboris analüüsitakse viiruse olemasolu hingamisteedes. Nagu eelpool selgitatud, siis PCR nakkusohtlikkust otseselt ei määra. Nakkusohtlikkust on püütud ligikaudselt hinnata korreleerides Ct väärtusi viiruse kultiveerimisega rakukultuuris.

Väide, et suur osa PCR positiivsetest on nn jääkpositiivsed ja pole nakkusohtlikud, võib kehtida vaid teatud piiratud patsiendigruppides (näiteks seires testides juhuslikke inimesi). Diagnostilisel eesmärkidel laborisse saadetud uuringutest on valdaval enamikul (ca 90%) väga kõrged viirusehulgad, mis viitavad nakkusohtlikusele. Vaid alla 5% juhtudest võiks oletada madalat nakkusohtlikkuse taset (kasutatud Jaafar al 2020 a uuringu andmeid ning SYNLAB Eesti proovide statistikat).

Võimalus, et inimene on küll PCR positiivne, aga mingi tõenäosusega pole ehk nakkusohtlik, ei tohi olla argument isikukaitsevahenditest keeldumiseks või muude reeglite eiramiseks.

Mida arvavad Ct väärtustest infektsioonhaiguste arstid ja laboriarstid?

Nagu ka iga muu analüüsi korral, tuleb testi tulemust, sh Ct väärtust, hinnata kliinilises kontekstis (sümptomite olemasolu, nende tekkest möödunud aeg ning vajadusel lisauuringute, nt antikehade, tulemused) ja ei tohi automaatselt otsustada patsiendi nakkusohtlikkuse üle. Lõplik tulemuse tõlgendamine jääb raviarstile, kes eelnevat arvestades otsustab, kas patsient vajab isoleerimist või võib olla tegemist läbi põetud infektsiooniga.

Oluline on märkida, et Ct väärtused ei erine sümptomaatilistel ja asümptomaatilistel patsientidel. Asümptomaatilistel patsientidel on keerukas hinnata täpset nakkusohtliku perioodi algust.