Uued DNA uuringud seedetrakti infektsioonide laboratoorses diagnostikas

Seedetrakti infektsioonid on sagedased nakkushaigused, mida põhjustavad enteropatogeensed viirused, bakterid ja parasiidid. Oluliseimaks sümptomiks on kõhulahtisus, mis võib kesta paarist päevast (iseparanev) kuni mitme kuuni (krooniline diarröa). Kaasneda võib nähtava vere esinemine väljaheites, oksendamine, palavik, kõhuvalu. Samas võib esineda ka sümptomitevaba patogeenide kandlus.

Alates 01.12.2019 kaob ära Yersinia, Salmonella, Shigella, Campylobacter diarröa paneelkompleksuuring külvina. See asendub soolebakterite DNA paneel + külv uuringuga.

Alates 01.11 pakume ka uusi sooleviiruste ja sooleparasiitide DNA uuringute paneele.

Uutes uuringutes kasutatakse real-time PCR metoodikat. Võrreldes külvimeetodiga võimaldavad PCR testid 1,5x suuremat tundlikkust soolebakterite tuvastamisel. Samuti on PCR uuringud oluliselt tundlikumad võrreldes sooleviiruste ja sooleparasiitide antigeeni testidega. Lisaks tundlikkuse paranemisele on soolebakterite DNA paneeliga nüüdsest võimalik määrata ka enteropatogeenseid E. coli tüvesid (EHEC, EPEC, ETEC ja EAEC).

Soolebakterite DNA paneel + külv roojast

• Enterohemorraagiline coli (EHEC) Shigatoksiin 1 ja 2 DNA
• Enteropatogeenne coli (EPEC) DNA
• Enterotoksiline coli (ETEC) DNA
• Enteroagregatiivne coli (EAEC) DNA
• Campylobacter jejuni/coli DNA*
• Salmonella spp DNA*
• Shigella spp/Enteroinvasiivne coli DNA*
• Yersinia enterocolitica/pseudotuberculosis DNA*

Kasutatav metoodika: Real-time PCR

Teostussagedus: iga päev

Proovimaterjal: roe, (rektaalkaabe)

NB! Rektaalkaape kasutamisel on uuringute tundlikkus kordades madalam kui rooja puhul (tingitud väiksemast materjali kogusest), mistõttu tuleb võimalusel alati eelistada materjalina rooja

Proovivõtu tarvik: Cary-Blair vedela transpordisöötmega katsuti (rohelise korgiga)

Proovimaterjali säilivus ja transport: Eelistatult 2 – 8°C 24 tundi; lubatud 2 – 25°C 48 tundi. Transport toatemperatuuril või jahedas

HK kood: 3×66608

* Positiivse Campylobacter, Salmonella, Shigella, Yersinia leiu korral teostab labor automaatselt külvi ja näidustusel määrab antibiogrammi (lisanduvad samastamise ja antibiogrammi HK koodid, vastavalt 66522 ja 66530)

Sooleviiruste RNA/DNA paneel

• Adenoviiruse 40, 41 DNA
• Astroviiruse RNA
• Noroviiruse GI RNA
• Noroviiruse GII RNA
• Rotaviiruse RNA
• Sapoviiruse RNA

Kasutatav metoodika: Real-time PCR

Teostussagedus: iga päev

Proovimaterjal: roe

Proovivõtu tarvik: Cary-Blair vedela transpordisöötmega katsuti (rohelise korgiga)

Proovimaterjali säilivus ja transport: Toatemperatuuril 24 tundi; 2 – 8°C 5 päeva; -20°C pikemaajaliselt. Transport toatemperatuuril või jahedas

HK kood: 4×66608

Sooleparasiitide DNA paneel

• Giardia lamblia DNA
• Entamoeba histolytica DNA
• Cryptosporidium spp* DNA

* Sisaldab liike C. andersoni, C. canis, C. chipmunk genotüüp 1, C. cuniculus, C. felis, C. hominis, C. horse, C. meleagridis, C. muris, C. parvum, C. ubiquitum

• Dientamoeba fragilis DNA

Kasutatav metoodika: Real-time PCR

Teostussagedus: 2x nädalas

Proovimaterjal: roe

Proovivõtu tarvik: Cary-Blair vedela transpordisöötmega katsuti (rohelise korgiga) või roojatops

Proovimaterjali säilivus ja transport: 2 – 8°C 3 päeva; -20°C pikemaajaliselt. Transport toatemperatuuril või jahedas

HK kood: 3×66608