Почему метод ПЦР используется в диагностике SARS-CoV-2?

В ответах использованы согласованные позиции Эстонского объединения лабораторной медицины (ELMÜ), Эстонского общества инфекционных болезней (EIS) и Департамента здоровья.

Почему важна ПЦР-диагностика?

Определение РНК вируса SARS-CoV-2 в полученном из дыхательных путей материале с помощью полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР) представляет собой т. н. «золотой стандарт» анализа на коронавирус (согласно рекомендациям Всемирной организации здравоохранения [ВОЗ] и других международных организаций, а также в рамках клинической практики).

ПЦР-метод уже годами используется врачами в повседневной практике при диагностике других вирусных инфекций дыхательных путей (например, гриппа).

Можно ли с помощью ПЦР-теста отличить заразных пациентов от незаразных?

ПЦР-тест позволяет выявлять только наличие генетического материала вируса, но не его способность к инфицированию. Определить наличие жизнеспособного вируса можно только при выращивании вируса в культуре клеток, однако для стандартной диагностики этот метод не подходит вследствие его высокой стоимости и длительности проведения (требуется несколько недель).

ПЦР-тест на SARS-CoV-2 не позволяет точно определить количество вируса, однако содержание вируса в полученном у пациента образце можно косвенно оценить с помощью Ct-значения.

Что такое Ct-значение и как оно связано с ПЦР-тестами?

  • Ct (cycle threshold) — это количество циклов создания дополнительных копий РНК, начиная с которого результат конкретного теста считается положительным. Ct-значение путают с числом циклов, хотя это два разных значения. Низкое Ct-значение указывает на высокий уровень вируса, которому сопутствует более высокая инфекционность.
  • Высокое Ct-значение указывает на низкий уровень вируса в исследуемом материале, что может свидетельствовать о следующем:
    • начало инфекционной фазы, когда количество вируса ещё чётко не определяется и человек потенциально уже может заразить окружающих;
    • фаза выздоровления (завершения инфекции), если человек до недавнего времени был инфицирован, но на текущий момент риск заражения окружающих уже может быть сниженным.

 

Ct-значение не указывается как часть результатов теста, оно относится к техническим деталям анализа и не прошло валидацию для использования в рамках клинической практики.

Ct-значения не стандартизированы, поэтому при использовании в лабораториях различных тестов мы можем получить для одного и того же исследуемого материала различные значения. По этой причине сравнение данных значений и какие-либо выводы на их основе не являются клинически обоснованными.

Лаборатории не сообщают Ct-значения во избежание их неправильного толкования. Такой способ действий основывается на консенсусном решении профессиональных обществ (ELMÜ, EIS) и Департамента здоровья.

Как проводится интерпретация результатов анализа на SARS-CoV-2 в лаборатории SYNLAB Eesti?

Используемое в тесте Ct-значение определяется производителем теста на основе результатов исследований.

В таллиннской лаборатории SYNLAB Eesti вирус SARS-CoV-2 определяется по методу ПЦР в реальном времени (RT-PCR) с использованием реактивов ThermoFisher TaqPath COVID-19 CE-IVD RT-PCR. Упомянутые реактивы позволяют выявлять три гена вируса SARS-CoV-2 — N, S и ORF1ab. Согласно установленным производителем правилам, положительным считается результат анализа при подтверждении наличия как минимум двух генов. Помимо Ct-значения, при оценке результата учитываются также показатель RFU (относительная единица флуоресценции) и подъём кривой на графике амплификации.

Более точная информация от производителя ЗДЕСЬ.

Помимо прочего, SYNLAB Eesti успешно осуществила сравнительные испытания с референтной лабораторией ВОЗ, а также регулярно (несколько раз в год) участвует в международных сравнительных испытаниях.

Методика прошла лабораторную верификацию и аккредитацию со стороны Эстонского центра аккредитации. Департамент здоровья выдал лаборатории разрешение на оказание медицинских услуг в рамках специализации на лабораторной медицине.

Как прокомментировать утверждения о том, что большинство положительных результатов ПЦР-теста являются остаточно-положительными, когда пациенты уже не заразны?

Заразность пациента зависит от ряда факторов: количество имеющегося в дыхательных путях вируса, количество выделяемого пациентом вируса (отличается при спокойном дыхании или пении/чихании), соблюдение мер предосторожности (маска, соблюдение дистанции) и т. д. В лаборатории проводят оценку наличия вируса в дыхательных путях. Как объяснено выше, результат ПЦР-теста напрямую не определяет риск передачи инфекции. Опасность заражения окружающих пытались примерно оценить с помощью корреляции Ct-значения и методов выращивания вируса в культуре клеток.

Утверждение, что большая часть положительных результатов ПЦР-теста относится к так называемым остаточно-положительным и пациенты при этом не заразны, может быть верным лишь в определенных ограниченных группах пациентов (например, при проведении скрининга среди случайных людей). Если же говорить о материалах, отправляемых в лабораторию с целью диагностики, то в большинстве случаев (около 90%) у пациентов имеется очень большое количество вируса, что указывает на опасность заражения пациентом окружающих. Лишь менее чем в 5% случаев можно предположить низкую опасность передачи инфекции (на основе данных исследования Jaafar et al. 2020 и статистики по образцам SYNLAB Eesti).

Возможность наличия у пациента положительного результата ПЦР-теста при определённой вероятности отсутствия опасности заражения окружающих не должна использоваться как аргумент для отказа от средств индивидуальной защиты или игнорирования других правил.

Что думают о Ct-значениях врачи-инфекционисты и лабораторные врачи?

Как и в случае с любыми другими анализами, результат теста, в том числе и Ct-значение, следует оценивать с учётом клинического контекста (наличие симптомов, время, прошедшее с момента их появления, а при необходимости также результаты дополнительных анализов, например, на антитела). Решение об опасности заражения пациентом окружающих не может быть автоматическим. Окончательная оценка результата проводится лечащим врачом, который учитывает вышеописанные факторы и принимает решение о необходимости изоляции пациента или о том, что речь может идти об уже перенесённой инфекции.

Важно отметить, что Ct-значения не отличаются у пациентов с симптомами и у пациентов без симптомов. У бессимптомных пациентов сложно точно оценить начало периода, когда они могут заразить окружающих.